检索证据与局限
已核验的书目信息
| 节点 | 日期 | 来源标识 | 核验状态 |
|---|---|---|---|
| scGen predicts single-cell perturbation responses | 2019-07-29 | PMID 31363220；DOI 10.1038/s41592-019-0494-8 | Europe PMC 记录 |
| Predicting transcriptional outcomes of novel multigene perturbations with GEARS | 2023-08-17（在线发表）；期刊卷期 2024 | PMID 37592036；DOI 10.1038/s41587-023-01905-6 | Europe PMC 记录 |
| TxPert: using multiple knowledge graphs for prediction of transcriptomic perturbation effects | 2026-05-01 | PMID 42067667；DOI 10.1038/s41587-026-03113-4 | Europe PMC 记录 |
| A systematic comparison of single-cell perturbation response prediction models | 2026-09-09 | DOI 10.1126/sciadv.aed3414；另有 2026-09-11 PMC 记录 | Europe PMC 记录 |
快速规模核查
OpenAlex 相关性搜索（不是最终纳入数）在 2026-09-15 得到：
| 查询词 | 命中数 |
|---|---|
virtual knockout breast cancer |
0 |
in silico knockout breast cancer |
14,648 |
single-cell perturbation breast cancer |
66,598 |
Perturb-seq breast cancer |
0 |
这些数字明显受到搜索引擎相关性扩展影响，不能直接写进论文的结果表；它们只说明短语检索不稳定，必须使用 WoS/Scopus 全记录导出后人工筛选。
Europe PMC 的 Perturb-seq breast cancer 宽检索返回 1,976 条相关性结果，但前列记录包含泛癌症方法、miRNA 和肿瘤纯度等非目标主题，进一步说明需要标题/摘要筛选和方法编码。
重要边界
- “虚拟敲除”不是统一 MeSH 或 WoS 主题词。
CRISPR screen和Perturb-seq可以是真实实验扰动，不应自动归入虚拟敲除；本项目把它们作为训练/验证证据层单独编码。- 通用扰动模型论文只有在乳腺癌数据上应用，或明确提供可迁移到乳腺癌的任务时，才进入“乳腺癌应用层”。
- 2026 年新论文可能存在在线发表、正式卷期、预印本和 PMC 收录日期不一致；正式分析应保存检索日期、数据库和文献类型。
下一步最有价值的数据
- 从 Web of Science 导出
Full Record and Cited References。 - 从 Scopus 导出完整摘要、关键词和引用信息。
- 建立 100 篇人工标注的训练集，记录
是否真实乳腺癌应用、是否计算扰动、方法类别、是否有实验验证。 - 用双人或重复筛选估计一致性，再锁定最终纳入标准。
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