主要看这两个：

1. 结果行数

nrow(gsea_go@result)  # 0 = 没有显著结果

2. 原始p值分布

# 不管阈值，看所有通路的p值
head(gsea_go@result[order(gsea_go@result$pvalue), 
                    c("Description","NES","pvalue","p.adjust")])

如果最小的 pvalue 都 > 0.05，说明信号本身弱，不是阈值问题。

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信号弱的根本原因判断：

# 看正常样本有多少
table(group)

如果 normal 只有3-4个，肿瘤400个，组间极度不均衡，limma 算出来的 logFC 方差很大，GSEA 排序信号就会被噪音淹没。

GO/KEGG 用的是差异基因列表，对样本数不敏感；GSEA 用全部基因排序，对数据质量要求更高，所以同样的数据 GO/KEGG 有结果但 GSEA 没有是正常现象。